肿瘤数据库,除了大家熟知的TCGA,我们还上线了主要收录血液肿瘤的Target,重磅:TARGET数据库上线啦!!为了满足大家的分析需求,今天,我们又上线了ICGC数据,它同样是大家用的比较多的肿瘤数据库,收集50种超过个样本的,包括基因表达数据,体细胞突变和临床数据等,所以是对TCGA数据库很好的补充。
本次我们整理收录17个具有表达矩阵的数据集和46个突变数据集以及这些数据相应临床信息,不仅包含乳腺癌、肝癌,还有恶淋、口腔癌、鼻咽癌、平滑肌肉瘤等一些疾病。
其操作界面与Target数据库相同,第一步点击样本框后,肿瘤选择框会出现下拉列表。
第二步数据集筛选,此处收录样本根据不同国家、地区或研究机构进行区分,也有根据不同测序平台进行细分。tips:鼠标放上去会弹出对应数据集英文全称。
第三步样本筛选,这里与TCGA一致,可以根据临床特征过滤,同样可以根据某个基因表达或突变进行筛选样本。tips:选择基因表达或突变基因时,一定要选择提示框中包含基因名。
功能模块分为单样本、多样本和高级分析三大部分,每一部分下面包含多个分析工具,分析工具以基因表达数据为主,突变相关工具为辅(基因与TMB和突变比较)。
就给大家介绍到这里,比如要分析“慢性淋巴细胞白血病的转录组测序数据且样本年龄大于15岁,且x基因低表达或x基因突变”的样本,在这里就毫无压力。
选好样本后,接下来就可以进行相应功能分析了,功能模块与Target和TCGA大致相同,想要分析ICGC数据库的抓紧去试试吧。
大家还有其他什么想法,都可以在