第7节医药加视频号课程回放主题:
TCGA分析思路赏析及TCGA数据下载实操
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TCGA数据库是目前最大的癌症公共数据库。它包含了近40种常见的癌症类型,上万个样本!而且最关键的是,每个样本都有对应的SNP,CNV,甲基化,miRNA,lncRNA,mRNA以及全面的临床信息。
PubMed中关于TCGA的文章也是逐年增加,仅仅00年就有超过篇TCGA相关的文献发表!那么问题是,TCGA里仅有40种癌症方向及数据,却能够发表这么多篇文献呢?原因就是TCGA的分析思路多样性!
那么,生物信息怎么分析TCGA的高通量数据与临床数据?
TCGA癌症数据分析的套路是什么?
TCGA癌症数据分析的思路有哪些?(套路≠思路)
TCGA癌症数据分析结果与临床怎样关联?
Cohort
中文名称
英文名称
ACC
肾上腺皮质癌
Adrenocorticalcarcinoma
BLCA
膀胱尿路上皮癌
BladderUrothelialCarcinoma
BRCA
乳腺浸润癌
Breastinvasivecarcinoma
CESC
宫颈鳞癌和腺癌
Cervicalsquamouscellcarcinomaandendocervicaladenocarcinoma
CHOL
胆管癌
Cholangiocarcinoma
COAD
结肠癌
Colonadenocarcinoma
COADREAD
结直肠癌
Colonadenocarcinoma/RectumadenocarcinomaEsophagealcarcinoma
DLBC
弥漫性大B细胞淋巴瘤
LymphoidNeoplasmDiffuseLargeB-cellLymphoma
ESCA
食管癌
Esophagealcarcinoma
FPPP
FFPE试点二期
FFPEPilotPhaseII
GBM
多形成性胶质细胞瘤
Glioblastomamultiforme
GBMLGG
胶质瘤
Glioma
HNSC
头颈鳞状细胞癌
HeadandNecksquamouscellcarcinoma
KICH
肾嫌色细胞癌
KidneyChromophobe
KIPAN
混合肾癌
Pan-kidneycohort(KICH+KIRC+KIRP)
KIRC
肾透明细胞癌
Kidneyrenalclearcellcarcinoma
KIRP
肾乳头状细胞癌
Kidneyrenalpapillarycellcarcinoma
LAML
急性髓细胞样白血病
AcuteMyeloidLeukemia
LGG
脑低级别胶质瘤
BrainLowerGradeGlioma
LIHC
肝细胞肝癌
Liverhepatocellularcarcinoma
LUAD
肺腺癌
Lungadenocarcinoma
LUSC
肺鳞癌
Lungsquamouscellcarcinoma
MESO
间皮瘤
Mesothelioma
OV
卵巢浆液性囊腺癌
Ovarianserouscystadenocarcinoma
PAAD
胰腺癌
Pancreaticadenocarcinoma
PCPG
嗜铬细胞瘤和副神经节瘤
PheochromocytomaandParaganglioma
PRAD
前列腺癌
Prostateadenocarcinoma
READ
直肠腺癌
Rectumadenocarcinoma
SARC
肉瘤
Sar