淋巴肉瘤

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TUhjnbcbe - 2021/8/5 16:42:00

第7节医药加视频号课程回放主题:

TCGA分析思路赏析及TCGA数据下载实操

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TCGA数据库是目前最大的癌症公共数据库。它包含了近40种常见的癌症类型,上万个样本!而且最关键的是,每个样本都有对应的SNP,CNV,甲基化,miRNA,lncRNA,mRNA以及全面的临床信息。

PubMed中关于TCGA的文章也是逐年增加,仅仅00年就有超过篇TCGA相关的文献发表!那么问题是,TCGA里仅有40种癌症方向及数据,却能够发表这么多篇文献呢?原因就是TCGA的分析思路多样性!

那么,生物信息怎么分析TCGA的高通量数据与临床数据?

TCGA癌症数据分析的套路是什么?

TCGA癌症数据分析的思路有哪些?(套路≠思路)

TCGA癌症数据分析结果与临床怎样关联?

Cohort

中文名称

英文名称

ACC

肾上腺皮质癌

Adrenocorticalcarcinoma

BLCA

膀胱尿路上皮癌

BladderUrothelialCarcinoma

BRCA

乳腺浸润癌

Breastinvasivecarcinoma

CESC

宫颈鳞癌和腺癌

Cervicalsquamouscellcarcinomaandendocervicaladenocarcinoma

CHOL

胆管癌

Cholangiocarcinoma

COAD

结肠癌

Colonadenocarcinoma

COADREAD

结直肠癌

Colonadenocarcinoma/RectumadenocarcinomaEsophagealcarcinoma

DLBC

弥漫性大B细胞淋巴瘤

LymphoidNeoplasmDiffuseLargeB-cellLymphoma

ESCA

食管癌

Esophagealcarcinoma

FPPP

FFPE试点二期

FFPEPilotPhaseII

GBM

多形成性胶质细胞瘤

Glioblastomamultiforme

GBMLGG

胶质瘤

Glioma

HNSC

头颈鳞状细胞癌

HeadandNecksquamouscellcarcinoma

KICH

肾嫌色细胞癌

KidneyChromophobe

KIPAN

混合肾癌

Pan-kidneycohort(KICH+KIRC+KIRP)

KIRC

肾透明细胞癌

Kidneyrenalclearcellcarcinoma

KIRP

肾乳头状细胞癌

Kidneyrenalpapillarycellcarcinoma

LAML

急性髓细胞样白血病

AcuteMyeloidLeukemia

LGG

脑低级别胶质瘤

BrainLowerGradeGlioma

LIHC

肝细胞肝癌

Liverhepatocellularcarcinoma

LUAD

肺腺癌

Lungadenocarcinoma

LUSC

肺鳞癌

Lungsquamouscellcarcinoma

MESO

间皮瘤

Mesothelioma

OV

卵巢浆液性囊腺癌

Ovarianserouscystadenocarcinoma

PAAD

胰腺癌

Pancreaticadenocarcinoma

PCPG

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

PheochromocytomaandParaganglioma

PRAD

前列腺癌

Prostateadenocarcinoma

READ

直肠腺癌

Rectumadenocarcinoma

SARC

肉瘤

Sar

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