最好的白癜风医院电话 http://m.39.net/pf/a_4419219.htmlComprehensiveAnalysisofAlternativeSplicingAcrossTumorsfrom8,Patients8,名患者肿瘤可变剪接综合分析（TCGA）
Andre′Kahles,Kjong-VanLehmann,NoraC.Toussaint,...,ChrisSander,TheCancerGenomeAtlasResearchNetwork,GunnarR€atsch
关键词
选择性剪接;癌症;肿瘤特异性剪接;剪接QTL;新抗原;免疫疗法;免疫编辑;RNA序列;外显子组;质谱蛋白质组学;TCGA;GTEx;CPTAC;TCGA泛癌图谱
图形概要.Kahles等人的一项泛癌症分析显示，肿瘤中的替代剪接事件与正常组织相比有所增加，并确定了与替代剪接事件相关的反作用变体。肿瘤含有正常样本中没有的新结点肽，包括预测的MHC-I结合剂，这些都是推定的新抗原。
亮点
对8,名癌症患者的可变剪接情况的系统分析
体细胞trans-sQTL分析确定了全局剪接畸变的驱动因素
许多肿瘤包含许多正常样本中不常见的新结点
新结点可以通过MS确认并形成一类潜在的新抗原
概括
我们对来自8,名患者的32种癌症基因组图谱癌症类型的可变剪接的综合分析，通过重新分析RNA和全外显子组测序数据来检测选择性剪接事件和肿瘤变异。肿瘤的选择性剪接事件比正常样本多30%。体细胞变异与可变剪接事件的关联分析证实了与SF3B1和U2AF1变异的已知trans关联，并确定了额外的trans-acting变异（例如，TADA1、PPP2R1A）。许多肿瘤具有在正常样本中无法检测到的数千种可变剪接事件；平均而言，我们在肿瘤中发现了约个外显子-外显子连接（"neojunctions"），这在GTEx数据库中的正常样本中是不常见的。从可用于乳腺和卵巢肿瘤样本的临床蛋白质组学肿瘤分析联盟数据中，我们确认每个肿瘤样本大约有1.7个新连接肽和大约0.6个单核苷酸变异衍生肽，它们也是预测的主要组织相容性复合物I结合物（“推定的新抗原”）。
意义
免疫疗法是目前治疗癌症患者的一个有希望的方向。并非所有癌症类型都适合这种方法。在那些从免疫治疗中显示出潜在益处的人中，为靶向疫苗获得合适的抗原是一个相当大的挑战。肿瘤特异性剪接提供了一大类新的剪接相关潜在新抗原，可能会影响免疫反应并可用于免疫治疗；例如，在个性化肿瘤疫苗中。通过将新结点衍生的肽（除SNV衍生的肽外）视为潜在抗原，可以通过质谱蛋白质组学鉴定和确认至少一种推定新抗原的样本比例从30%增加到75%。
介绍
癌症基因组分析主要集中在评估体细胞非同义蛋白质改变突变以及此类突变对基因表达、蛋白质功能和下游途径的潜在致病影响上(Futrealetal.,,Greenmanetal.,)。癌症基因组图谱(TCGA)收集的样本类型和生成的数据专门用于支持此类分析(CancerGenomeAtlasResearchNetwork,)。然而，已开发的资源也为深入分析肿瘤中转录组的变化提供了一个极好的机会，到目前为止，这一点受到的
