根据病因，再生障碍性贫血可以分为有先天性和后天获得性两大类。
“先天性再生障碍性贫血”的病因，至今不明。临床多在10岁之内发病，多数有家族史，可能与胎儿时期受某些影响发育的因素有关。症状除有全血细胞减少外，同时多并发畸型、智力低下、发育停滞，约占2.5％。治疗与后天获得性再障相同。
“后天获得性再生障碍性贫血”，根据病因也可分为两种。一种属原因不明者，叫做“原发性再障”，约占70.3％。实际上这类再障的原因可能被忽视或尚未被认识。另一种属能查明原因者，叫做“继发性再障”，约占16.9％。随着对病因的重视和深入的调查，逐渐发现更多的致病因素，因此继发性再障已有明显增加。
